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O5议会：
SCP基金会的最高掌控者是O5议会。
O5议会是13名拥有最高掌控权的人员组成。所有O5议会成员的身份都是机密。所有议会员的称呼全部都是数字代号，从O5–1到O5–13。每位O5议会的成员都近乎知道基金会的一切，及其所有活动。所有人加起来，他们知道基金会掌握的每个秘密。基金会的大部分人员，在整个职业生涯都不会见到他们。二级以下的人员甚至不知道他们存在。基金会外的人都没听闻过他们，或者不觉得他们真实存在。基本所有人都害怕他们。当一个O5走进房间，所有人都要吓N。如果你掌握了世界史上，最可怕组织的顶级QL，情况就是如此。O5议会有自己的机动特遣队“红右手”，他们既是基金会研究员的好朋友又像是中世纪的审判厅，会让O5们讨厌的人消失。O5们很少干预基金会的日常运作或是对scp的收容，他们一般只关注Keter级的项目而实际上只会微处理Thaumiel级的项目。有些报告称O5们会定期交换编号，可能是临时也可能是某种制度。他们平凡的使用替身以及其他安保手段，还有假情报技术。还有报告称至少一个O5要全天待在太空上，而这些报告或许都是虚假的。
MTF（机动特遣队）：
基金会的最高战力是MTF（机动特遣队）。
机动特遣队是基金会除了设施保安力量之外，主要的战斗力量。同时也是其机动作战力量，和主要的外部行动执行力量。因此，机动特遣队完全都是由训练有素且拥有特殊技能的特工组成。甚至基金会会抽调一些人型的scp加入机动特遣队，以增强机动特遣队的力量。比如scp-076（亚伯）带领的“潘多拉之盒”，scp-2639（电子游戏暴力）组建的“洗刷者”等。机动特遣队一般被基金会的特遣队主管，认为在有需要的时候提议组建。通常需要一名或者多名O5议员成员的直接批准。机动特遣队的规模构成和目标各不相同，比如：Alpha-1红右手是O5议会直属，通常负责清除O5议会认为不稳定的因素。Nu-7落锤营集单位，按美军编制有两千人，常规部队中规模最大。Epslion-九尾狐，负责基金会各个站点的安保，是基金会最强的守护者。Lambda-5白兔，专门对抗时空间异常的专家小队，有能力收容可以操控时空间的异常。等等……