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杨玉科想趁基隆空虚之时拿下这个要点，但行军途中，又一则坏消息传来，他派去支援台湾城的部队遭遇埋伏，损失惨重，退回嘉义。
联军乘胜追击随即重新占领嘉义，然后集中兵力进攻彰化周围的革命军，革命军不敌，北上与主力会合。联军再次掉头，围攻台湾府。
此刻，双方位置对调，联军主力到了台南，而革命军主力到了基隆，双方都想拿下对方的大本营。
杨玉科皱着眉看着当前的形势，一轮交战革命军现在只剩下不到四万人，而且辛苦打下的嘉义被占领，可以说后路、补给全被掐断。他现在有两条路可以选择，一是继续进攻基隆，夺下港口，重新建立据点，另一条就是沿台东返回台南，支援台湾城。但这条路路途遥远，而他现在时间已经过去了一个多月，就算能保住台南也是输了。
“全军进攻基隆！”杨玉科咬牙道，他决定孤注一掷。
基隆守军有一万五千人，但他们拥有完备的防御工事，死死抵住了革命军的进攻。
另一边，联军围攻五日后被判定攻下台湾城，随后陈玉成命令主力全部北上，准备与革命军决战。
杨玉科此时大汗淋淋，教官们判定他的弹药只够坚持四天，而基隆却仍未拿下。
“可恶，决不能输！”杨玉科继续猛攻基隆。
兵棋推演进入最后阶段，革命军终于攻下基隆，但联军主力已经到达，反将他们围在城中。
革命军弹尽粮绝，在英国舰队与联军的进攻下全军覆没。
“推演结束，陈玉成的联军胜！”
这一战陈玉成充分发挥了他长途奔袭的能力，不计较城池的得失，调动杨玉科的部署，最终看准破绽，将杨玉科打败。杨玉科的革命军无论士气、装备都要优于联军，但还是一败涂地，此刻终于意识到自己和陈玉成的差距。
杨玉科低下高傲的头颅，说道：“我输的心服口服！”
陈玉成一战折服杨玉科，现在他可以安心的指挥独立师了。
苏州，李秀成接连召开两次战前会议，部署天京解。九月，他亲自督率侍王李世贤、护王陈坤书、听王陈炳文、来王陆顺德、堵王黄文金等十四个王十八万人救援天京。
此时，曾国荃会同曾宝贞、彭玉麟的水师共五万余人在雨花台下扎下营寨，深挖壕垒，一步步蚕食天京。
天京城内，勇王罗大刚、干王洪仁玕曾数次帅军进从城内攻曾国荃，无奈湘军据垒而守，火器齐全，太平军无功而返。
十月初，李秀成率领大军终于到达，随即分为东西两路进攻湘军大营。
曾国荃缩营自保，凭借深壕高垒，坚壁固守。太平军离得远就用开花弹轰炸。近了就用火枪，再近就用炮散弹，一轮下来，能冲进壕垒的太平军极少。
李秀成为此想个法子就是命令太平军听到炮声就卧倒，然后利用填装炮弹时间进攻，但收效甚微。
曾国荃对付太平军的进攻方式极为熟悉，他挖出三道壕垒，自己在最后一道督战。
这一日，李秀成集中五万精锐，8000支火枪，50门火炮，猛烈进攻曾国荃大营。曾国荃也不甘示弱，集中6000火枪队，40门火炮还击，整个战场喊杀动地，炮弹横飞，烟火遮天，铅弹如蝗。一个个太平军身背木板，奋勇冲击，激战一直到深夜。就这样，李秀成围攻曾国荃所部整整七天，一直推到湘军最后一道垒墙。
“将军，长毛贼攻势不绝，将士们死伤极多，大营恐怕保不住了！”副将左传贵对曾国荃说道。
曾国荃怒道：“混账，你不是还活着吗，只要活着，就给我死死守住大营。我已经向后方请求援兵，不出两日，就是我们反攻之时……”
“轰轰！”
曾国荃的话还未说完，就听不远处传来两声巨响，脚下大地为之一颤，随即，喊杀之声从远处传来。
“报将军，垒墙被长毛贼炸开了两个缺口！”
曾国荃震惊非常，但到底是久经沙场之人，抄起身边的战刀，吼道：“所有能动的弟兄们，跟我将长毛贼打回去！”
湘军和太平军在缺口处展开血腥激烈的争夺，双方挤在缺口处，相互砍杀。曾国荃亲自带兵拼杀，湘军士气大振，疯狂堵击太平军，双方在两处缺口反复争夺，死尸已经堆成一座小山。
此刻，曾国荃手下两个副将全部战死，他自己的左脸也被削掉一块皮肉，就当他快要坚持不住时，远处传来湘军的欢呼声，原来都阿兴率领的第一批三千人援军已经到达，有了生力军的加入，湘军很快将太平军推到缺口之外，并用沙袋堵住。
“都疯子，你再来晚一会儿，估计就见不到我了！”曾国荃坐在地上喘着气说道。
都阿兴笑道：“曾老九你不是自诩为九条命吗，怎么怕了？”
“废话，老子还没活够，当然怕死了，你带多少人来了？”
都阿兴答道：“总共一万人，后面还有两批。”
“好，今晚咱们就反击！”
随后曾国荃从曾宝贞手里调来五千人，又从彭玉麟的水师借来三千人，于当天深夜发动反击，激战至凌晨，太平军被赶出清军大营壕垒。
远处，亲自督战的李秀成看着退却的太平军也是无可奈何，这一战，他动用的全是精锐，炮弹打了三千多发，还是没能攻破曾国荃的大营。
李秀成心有不甘，随即改变战术，进攻清军补给线，他集中了一百艘战船进攻江心岛，企图攻下这里的粮食转运站，但湘军的水师太强了，太平军损失五千人后被迫退了回来。
接着李秀成又想出一计，就是挖掘地道，利用炮火进攻掩护士兵挖掘，企图直接攻进清军大营。曾国荃身边的幕僚想了个办法，就是以挖对挖，从大营内部打通外部的太平军地道，然后用水灌，用烟熏，甚至用火药炸，竭尽所能破坏太平军的地道。
双方就这样僵持到入冬，雨花台的清军大营依然稳固如山，李秀成的士兵并没有过冬的衣服，弹药粮草将尽，只得下令撤围，命侍王李世贤退守秣陵关、东坝、小丹阳等要点，自己则绕道进入天京觐见洪秀全。