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殿试完之后便进入了阅卷和分等，阅卷和分等是殿试最实质性的工作。殿试由内阁主持，皇帝亲策，朝廷重臣任考官。考官有读卷官、授卷官、收卷官等名色。读卷官审阅和品评对策卷，责任至重，一般是由内阁大学士担任。收卷官、受卷官等相当于现代的考务人员，例由翰林院、科道、中书舍人等充任。徐学聚《国朝典汇》中言殿试阅卷之大概，说:“读卷官国初用祭酒、修撰等官。洪武初年，国子祭酒魏观、太常博士孙吴与给事中李颜、修撰王亻巽四人充读卷。正统中犹与其事。其后非执政大臣不得与，而去取之柄则在内阁。国初于殿试之明日即传胪揭榜，今制，约在三日内阅卷礼部，地专而人众，庶得尽心鉴别云。凡殿试读卷官，内阁于大学士、学士等官内具名，送该部奏请，至日，与各衙门该读卷官详定试卷，次日同赴文华殿，内阁官将第一甲三卷以次进读，俟御笔批定，出将二甲、三甲姓名填写黄榜。又次日早，同至华盖殿，内阁官进至御座前，以次拆卷，将姓名、籍贯面奏，司礼监官授制敕房官填榜毕，开写传胪帖子，内阁官一员捧榜出至奉天殿，授礼部尚书，制敕房官将帖子授鸿胪寺官传胪。其受卷、弥封、掌卷官从内阁于翰林院及春坊等官并制敕坊官内推选与各衙门官相兼执事。翰林院、坊局始不过五人，后增至七人，遂为例。
殿试阅卷一般为二日。读卷官先从对策卷中选出第一甲的人选，由内阁首辅亲自点评，余者由其他读卷大臣评阅，上者为一等，次者为二等，然后首辅据读卷官所分等次，将上一等判为二甲，次二等判为三甲。一甲人选的对策要进呈文华殿读给皇帝听，由皇帝最后决定名次。可见除了为选一甲三名提供的对策卷外，其他卷子的评阅是比较粗的，如叶盛所言“，若曰须一一品量高下次第，固有所不能也。
录取前三名是殿试的焦点。前三名虽由皇帝亲点，但前提是内阁首辅选中进读。如果对策卷得不到进读皇上的机会，再好的答卷也没有进入前三名的可能。
“陛下！这是微臣选好的，请陛下过目！”孙承宗道。
“哦？！”崇祯点点头，随后拿起最上面的的道拆开看了看一愣道：“第一名宋献策？！”
“还请陛下看看他的对策卷！微臣以为他的才能并不比那个许仕林差！一些对策要更具体，更全面！”孙承宗笑着道。
崇祯饶有兴趣的打开宋献策的对策卷看了起来，没一会就开始不住的点头，笑着道：“不错！不错！确实一些想法要更好！不过这官绅一体纳粮倒是真敢写！老师你怎么看？”
“陛下！可行是可行！但是具体的细节需要臣等进行商议，另外现在也确实不是实行的最好时机！”孙承宗颔首道。
“这个确实是不急！选他做状元倒也是个不错的选择！那就他吧！”崇祯笑着道。
“陛下圣明！”孙承宗笑着道。
随后崇祯打开第二个看了下，只看了名字就放下道：“第二名就这个许小子吧！朕不用看了！”随后拿起第三个拆开看了看疑惑道：“方以智？”
“陛下！此子对各方面都有自己独特的见解，思想也比较新颖，同时对西学也有所涉猎，微臣以为正是朝廷如今所需要的人才！”孙承宗随后拿出几个卷轴道：“这是此考生之前的答卷！请陛下过目！”
崇祯听了摆摆道笑着道：“不用了！那就他吧！老师的眼光朕还是相信的！”
“谢陛下！”孙承宗恭敬道。
“老师！那盐政改革这科举结束后就开始实施吧！内阁和各部都协调好不要耽误了！”崇祯笑着道。
“微臣领旨！陛下放心！”孙承宗道。
“还有件事，既然老师来了那也看看这个奏疏吧！”说着崇祯桌上拿起一份奏疏，随后曹化淳接过递给了孙承宗，孙承宗恭敬接过，随后便打开看了起来，没一会眉头便皱了起来，摇了摇头叹了口气道：“稚文真是糊涂呐！怎么能干出此等事来！”
“老师觉得朕应该如何处置？”崇祯笑着道。
“陛下！微臣以为对于参与的所有官员必须按我朝律法严惩不贷，要树立朝廷的威信，至于这个复社，从这次的科举来看，一些学子还是有心报效朝廷，而且学识也是不错，只是受了他们领导者的不良引导，陛下何不把这些忠于朝廷的学子引回正途？为朝廷，为百姓做一份贡献，至于其他人等这按我大明律一律严惩，除去死罪的，其余的皆剥夺资格，永远不允许再参加科举，就是他们的家人也不允许！”孙承宗道。
“除去死罪的？老师！朕是准备把参与此案的所有官员和学子一律抄家灭族！”崇祯冷冷道。
“陛下！这。。。。。。”孙承宗顿时有些无语，他不喜欢崇祯如此做法，他担心这样冷血的做法会给崇祯皇帝染上一些污点。
“杀一儆百，以儆效尤！朕要让他们明白触犯朕的底限是什么后果！”崇祯冷冷道，随后又道：“说到这个朕还想起了一事，之前谈的生员改革的也可以实行了！毕爱卿的方案老师也看过了吧？朕以为可行！”
“回陛下！内阁对此无异议！”孙承宗回道。
“那行！那就这样！这复社就取缔了，至于那些有才能的学子则让他们到官办的学堂进行教学，他们仍然可以参加科举，就这样吧！此事朕就交给老师办了，朕会让中兴卫和刑部协助老师的！”崇祯又恢复了笑脸笑着道。
“这简直就是一个烫手的山芋啊！”孙承宗心里苦笑了一声，随后道：“微臣领旨！”
随后孙承宗像是想起了什么似的道：“陛下！如果所有的书塾由朝廷办理，那这如今由哪部进行管理？划归到户部吗？”