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分离性障碍的病因
第一，生物学的观点：大脑功能缺失。从神经学研究者的观点来看，有些所谓的分离性障碍或许根本就是神经病性障碍，有一种理论指出，分离性症状可能就是未诊断出的癫痫的‘副产品’。
在对DID患者第一次正式临床描述中，就提到过癫痫样抽搐。另外，有些癫痫症患者报告有分离性体验，如人格解体及恶魔附体。不过，这种理论只适合用于某些分离性症状，不可能解释DID。另一种更生物性的假设是，在我们人体内部都有一个反叛的亚部分，这一部分在体验着一种不同的现实，过着一种与之前截然相反的另类生活。只不过，正常的大脑知道怎样压抑这些亚部分。
当压抑这些亚部分的大脑受到损伤或有所改变时，分离性症状会出现，也就是允许反叛的部分表现自己。如有一个此类病人，在其胼胝体切除后左手经常做自己不喜欢的事，如偷钱、在公共场合解开衬衣等；并且这个病人还用另一个名字来称呼做这些事的自己的那部分。
另外，还有一种神经发育的观点，Kelly.A.Forrest在整合前人工作的基础上，提出了DID的眶额叶模型（orbital frontal model，OFC）。
在一个受虐待的环境中，“我”（Me）或“关系中的我”（Me in the relation）的概念非常的矛盾，以致把它们整合起来会破坏直接的目标指向的行为，发展中的OFC会把感觉到的冲突的“我”或“关系中的我”的概念整合到目前的神经纤维联系中。然而，被感觉到的，在一个情境中被抑制的“我”的概念，在另一个矛盾的、需要它来组织当前行为的情境中不能被分离。在这种情况下，通过对“冲突我”（conflicting Me）的抑制，维持了所需要的“矛盾我”（contradictory Me）的概念系统。
十年前的噩梦令人窒息的跨时空对话
“....不是...你不是？？...我...明明记得你那个时候....那场意外....”
“...我因为那场意外确实差点没死过去...但我最后被救了...至于是谁救了我...又是怎样的一种方式...就不是很清楚了....我大概有很模糊的记忆...我醒来后，浑身都是缠满血的绷带..就连脸也是...对了，我还记得是一群穿着白大褂、带着严实面具的医生们给我做的手术....”
“...手术？？...那你还记得他们说了什么吗?...手术原因....以及手术后你具体会变成怎样？...”
“....诶...十年了，就算勉强记得，记忆也会出现很大的偏差...你让我想一想...说不定过段时间，回想起些什么...”
“...没事，我们又不急...就当在这个咖啡馆喝下午茶了...”
“.....”
空气中弥漫着让人迷醉的咖啡气息，两个人面对面坐着，各自沉浸在追忆似水年华的往事回忆中...
“...对了，我还记得那些零碎的对话...当时手术麻醉还没有发生药效，我恍惚之中好像听到他们是这样说的...”